تدور الأحداث بعد نهاية مانجا ناروتو الرئيسية. و تحكي قصة الجيل الجديد من نينجا قرية كونوها و مغامرات شخصية بوروتو و سارادا و ميتسوكي.

في العاشر من شهر أوت سنة 2002، تعرضت اليابان لعدّة زلازل هائلة أدّت إلى إنقسام اليابان إلى قسم شمالي وأخر جنوبي، ومسببة في ثوران جبل فوجي، وراح ضحية هذه الزلازل ما يفوق نصف سكان اليابان، ولإعادة ترميم اليابان استعانة الحكومة اليابانية بالولايات المتحدة والصين بشرط تنازل الحكومة اليابانية عن سيادتها، ومن أجل إعادة بناء اليابان تم ترحيل السكان اليابانيين إلى الدول المجاورة كلاجئين، ومن بين هذه الدول كانت التايوان، حيث يواجه اليابانيون الإضطهاد والظلم من طرف الحكومة والشعب اليايواني…فكيف سيتصرف اليابانيون اتجاه محنتهم؟ وكيف ستكون ردة فعل التايوان؟