القصة عن كيميزوكا كيميهيكو طالب المرحلة الثانوية الذي تقع حوله الجرائم والمشاكل أينما ذهب مُنذ صغره (كونان 2). يقابل المحققة سيستا على متن طائرة مخطوفة وتجعله مساعدها. تخوض المحققة ومساعدها العديد من الغامرات.. إلى أن تموت المحققة. القصة تبدأ بعد سنة من موتها.

تدور القصة في مدينة سكانها يمتلكون قوى خارقة. بطلا العمل هما شاب وفتاة في الثانوية يحمون آمن مدينتهم مستعينين بقواهم. في يوم يكتشفان حجراً أسود يترتب عليه بقاء المدينة.

مجموعة من خمسة عشر طالباً من النخبة تجمع في مدرسة ثانوية خاصة جداً، التخرج من هذه المدرسة يعني بأنك ستنجح في الحياة، ولكن التخرج منها صعب جداً، ويترأس هذه المدرسة دب يدعى مونوكوما، يشرح لهم الدب أنه للتخرج من هذه الثانوية يجب أن يرتكبو جريمة قتل، الطريقة الوحيدة للتخرج هي قتل أحد زملائك دون أن تكتشف، ان تم اكتشاف القاتل فسوف يتم اعدامه، وان لم يكتشف القاتل فسوف يتخرج ويقتل الباقي، من هو الذي سيتخرج وينجو من حمام الدم في المدرسة؟